通常來(lái)說(shuō)，免疫雜交技術(shù)是基于分子大小分離蛋白的一種技術(shù)，蛋白越小，它在凝膠中的遷移速度就越快，但是遷移還會(huì)受其他因素的影響，因此，觀察到的條帶的實(shí)際位置與所預(yù)期的有可能不同。常見(jiàn)的影響因素有：

1）翻譯后修飾，比如磷酸化，糖基化等，這些變化會(huì)增加蛋白的大小。

2）翻譯后剪切，比如很多蛋白在合成的時(shí)候是作為前提蛋白合成的，然后剪切形成活性形式，比如天冬氨酸特異性半胱氨酸蛋白酶前體。

3）剪切異構(gòu)體，同一基因經(jīng)選擇性剪切可能產(chǎn)生不同大小的蛋白。

4）相對(duì)電荷，氨基酸組成（帶電荷與不帶電荷）。

5）多聚體，比如蛋白二聚化。盡管強(qiáng)相互作用會(huì)導(dǎo)致大分子量條帶的出現(xiàn)，但是通常還原條件會(huì)抑制這種情況發(fā)生。

眾所周知的p53蛋白，其表觀分子量是53kDa（這也是該蛋白名字的由來(lái)），但是根據(jù)氨基酸序列計(jì)算得到的分子量卻是43kDa。